クドと同じ部屋で過ごす夏。
能美クドリャフカと直枝理樹が恋人同士になり、 修学旅行を無事に終えたもう一つのリトルバスターズ！の世界。
夏休みが始まり、リトルバスターズの面々が帰省する中、クドと理樹は寮に残っていた。
そんな矢先、男子寮のリフォーム中に水道事故が起こり、部屋が使えなくなってしまう。
途方に暮れている理樹に、 クドが
「ルームメイトさん、今も募集中、なの、です…」と申し出てくる。
つい「うん」と頷いてしまう理樹。

こうして始まった秘密の同棲生活。
クドの夏休みの自由研究を手伝いながら、 他の寮生にバレないように過ごす蜜月。
そんな二人が目指す場所は一体どこなのか。